Come vuole la tradizione il nome antico Bagnoregio, dal latino Balneum Regis, si riferirebbe ad un impianto termale nelle cui acque, si narra, il noto re Longobardo, Desiderio, avrebbe recuperato la salute.
Bagnoregio, comprendente le contrade di Rota, Mercato e Civita, volgarizzato in Bagnorea o Bagnarea, a partire dal XVI secolo, fu ripristinato nel 1922.
Dopo la caduta dell’Impero Romano d’Occidente, con la nascita in Italia dei regni romano-barbarici, la città di Bagnoregio fu dominata da Visigoti, Goti, Longobardi, fino al 774, quando il Re dei franchi Carlo Magno, dopo aver sconfitto l’ultimo Re dei Longobardi, Desiderio, la consegnò alla Santa Sede.
Numerosi sono i reperti storici che attestano la permanenza longobarda a Bagnoregio. In località Santa Lucia (presso Pratoleva) furono rinvenute due abitazioni longobarde ed una Necropoli; nella stessa Civita si conservano frammenti architettonici alto-medievali, probabilmente appartenuti all’antica cattedrale di San Donato.
Il Papato adattandosi al sistema feudale del tempo, assegnò Bagnoregio ad un antico Conte della famiglia dei Monaldeschi della Cervara, i quali divennero sempre più potenti, ribellandosi al potere pontificio.
A seguito di questo travagliato periodo storico, attorno all’anno 1160, dopo aver recuperato la propria autonomia, fu costituito il Libero Comune di Bagnoregio, del quale ancora ad oggi si conserva lo Statuto originale.
In questo periodo la città divenne uno dei Comuni più potenti e prosperi dell’epoca.
Con il mutare degli eventi storici, Bagnoregio rimase alle dirette dipendenze dello Stato Ponteficio, fino al 1870; anno in cui la nostra città fu conquistata dalle truppe Italiane e annessa al Regno D’Italia.
Nel 1867, durante la Campagna dell’Agro Romano per la liberazione di Roma dal potere papale, un gruppo di garibaldini, guidati da Giacomo Galliano e Girolamo Corsieri di Castiglione in Teverina, si ritirano a Bagnoregio per ricongiungersi con i loro compagni dopo un violento scontro con le milizie pontificie.
Gli scontri culminarono nella “battaglia di Bagnoregio” del 5 ottobre 1867 che si concluse con la vittoria delle truppe pontificie.
A memoria di questa triste pagina della storia bagnorese si conserva la “Piramide” Monumento-Sacrario garibaldino custode dei volontari caduti negli scontri.
Il 10 giugno 1695 un violento terremoto colpisce Bagnorea, l’attuale Civita, formando l’ampia rupe che la separerà per sempre dalle altre due contrade, Mercato (oggi Mercatello) e Rota che conoscerà una forte immigrazione civitonica divenendo l’attuale Bagnoregio.